有时单用乙腈或甲醇可能会达不到理想的分离效果，在流动相同时使用乙腈和甲醇可改变选择性以获得较好的分离效果。

基于溶剂不同的选择性，甲醇为类质子溶剂，可形成氢键，对于分离酸碱或电负性强的化合物可提高选择性，乙腈为极性分子，其碳氮三键含有未成键电子，能与含有空轨道的化合物结合，则与甲醇有着不同的化合物选择性。

通常乙腈或甲醇有以下差别：
１．吸光度乙腈HPLC级吸光度值低。

乙腈和甲醇的市销HPLC级和优级的吸收光谱中，乙腈HPLC吸收最小(特别是在短波长上小)。所谓HPLC级是除去具有吸收UV的杂质，在规定的波长上吸光度限制在规格值以内。在UV检测时，产生的噪声小，因此在进行UV短波长上的高灵敏度分析时乙腈HPLC级最适宜。另外，在UV检测中的梯度基线上也是乙腈HPLC级产生鬼峰少，虽然，其他与水相溶性高的有机溶剂有各种各样，但很难能找到比乙腈HPLC级吸收更小的。另外，甲醇的HPLC级和优级，虽然所得的光谱相差不大，但是优级不能保证吸光度，有可能产生偏差，价格也相差不大，所以尽量使用HPLC级。

２．压力

根据有机溶剂的种类或混合比率的不同而异，水/乙腈，水/甲醇混合液的比例与输液压力的关系中，甲醇与水混合，压力增高，而乙腈同样与水混合压力较低。所以，乙腈在同样的流速下不在柱内增加多余的压力。

３．流动相的脱气

在流动相瓶内进行溶剂混合时(等浓度系统)，甲醇与水混合时发热，多余的溶解空气较易变为脱出气泡(脱气容易)；而乙腈由于吸热冷却，随着慢慢回到室温，产生气泡，所以要考虑脱气(加温搅拌，过滤膜，He脱气)等。

４．分离(洗脱)的选择性

乙腈和甲醇在分离的选择性上不同。由于有机溶剂分子的化学性质(甲醇和乙醇是质子性，乙腈和四氢呋喃是非质子性)不同所致。因此，在用乙腈类不能获得分离的选择性，就试用甲醇类看看。

５．峰形

像水杨酸化合物(在邻位上具有羧基或甲氧基的苯酚化合物)等，用乙腈时拖尾严重，用甲醇可抑制。
另外，聚合物反相柱比硅胶柱，更具有峰形宽的倾向，特别是用聚苯乙烯分析柱检测芳香族化合物时常见。这在流动相使用甲醇时非常明显，而用乙腈时不明显。为此，用聚合物反相柱时建议采用乙腈。

６．洗脱能力
乙腈和甲醇分别用同样的比例与水混合时，一般情况下，乙腈的洗脱能力强。特别是混合比例低时，从咖啡因和苯酚的洗脱来看，获得同样的保留时间，乙腈的比例，只需甲醇的比例的一半以下即可。另一方面，有机溶剂100%或与此极接近时，从胡萝卜素和胆甾醇来看，常常都是甲醇的洗脱能力强。混合比在50比1等较为特殊时，调制的误差大，影响保留时间，或平衡化的时间长，乙腈遇到这种情况时，用甲醇的10比1混合代替乙腈，操作方便些。溶剂受温度影响时，不采用容器定量，而采用重量的方法(考虑比重)，可使混合比的误差减小。